"Naruto" ma szeroką i barwną gamę postaci, każda ze swoją dokładną historią i złożoną osobowością, co pozwala większości z nich pojawiać się w serialu na równych prawach. Bohaterowie rosną i dojrzewają w czasie trwania anime, którego akcja rozgrywa się na płaszczyźnie wielu lat. Jak przystało na wieloletnią sagę, świat Naruto wciąż się poszerza, a stosunki głównego bohatera z ludźmi nie są wyjątkiem – na początku jedynie jego nauczyciel i przywódca wioski byli mu przychylni, ale wraz z rozwojem akcji coraz to nowi ludzie (i nie tylko) stają się częścią jego historii.Uczniowie Akademii Ninja, gdzie rozpoczyna się historia, po ukończeniu szkoły dzieleni są na trzyosobowe drużyny i stają się geninami. Do każdej drużyny przydzielany jest doświadczony sensei i Sempai. Te podstawowe drużyny tworzą podstawę do późniejszych interakcji między bohaterami, gdy będą oni wysyłani na misje, mające na celu ich rozwój i zarobek dla osady. Drużyna 7, w której znajduje się Naruto, zostaje miejscem, gdzie poznaje on Sasuke Uchiha i Sakurę Haruno oraz ich senseia Kakashiego Hatake (zwanego też "Sharingan Kakashi" lub "lustrzany Ninja" , ze względu na skopiowanie tysięcy technik swoim okiem sharingan), tworząc podstawę jego powstającego świata. Pozostałe drużyny tworzą kolejna warstwę, gdyż Naruto styka się z nimi w różnym stopniu, poznając ich motywacje, słabości i aspiracje, zazwyczaj porównując je do swoich własnych. Trzyosobowe grupy nie są jednak ograniczone do równolatków Naruto – większość grup pojawiających się w historii składa się z trzech osób lub wielokrotności tej liczby.Relacje sensei-uczeń pełnią ważną rolę w serii. Naruto ma wielu mentorów, z którymi trenuje i uczy się, głównie Kakashiego i Jiraiyę, a wszystko to zazwyczaj w otoczce tradycji i opieki łączącej wiele pokoleń. Wzorce te zapewniają swym uczniom przewodnictwo nie tylko w sztukach ninja, ale też w sprawach dotyczących japońskiej estetyki czy filozofii. Techniki, ideały i mentalność są zauważalnie przekazywane w rodzinach, Naruto jest zazwyczaj świadkiem pokazów umiejętności i tradycji wielopokoleniowych klanów ze swojej wioski, gdy przyjaciele w jego wieku demonstrują je albo nawet sami rozwijają. Często jest wspominane, że pokolenie Naruto jest wyjątkowo uzdolnione.Wiele najstarszych tajemnic serii to pytania o tożsamość i motywacje postaci. Historia rodziców Naruto, cele, które kierują postępowaniem Kabuto Yakushi, tożsamość tajemniczego przywódcy Akatsuki – to tylko parę podstawowych pytań typu "kto i dlaczego", które często pojawiają się w serii. Historia bardzo skupia się na bohaterach. Temat związków przyczynowo-skutkowych jest cały czas obecny w serii, gdy postacie poznają skutki swoich działań i znajomości z przeszłości. Losy bohaterów są zazwyczaj ze sobą powiązane i duży nacisk położony jest na przyjaźń i związki jednostki ze społeczeństwem.Imiona postaci są często zapożyczone z japońskiej mitologii, folkloru i literatury (na przykład imiona zapożyczone z opowieści ludowej Jiraiya Goketsu Monogatari) albo są starannie przemyślaną grą słów; zazwyczaj imię ma duże powiązanie z historią bohatera, jego charakterem itp.